5月26-29日，菲律宾总统马科斯将作为“国宾”访问日本，届时德仁天皇和皇后将举行晚宴款待，高市早苗也将与其举行会谈。
马科斯于2022年5月走马上任以来，2023年曾两次访问日本，去年又再次访日。“国宾”是日本接待的外国领导人访问中档次最高的，每年一般不会超过两次，近年来更是从严掌握。从2019年以来，只有当年5月特朗普在第一任期中的访日和去年3月巴西总统卢拉是作为“国宾”访问日本的。
在访日的贵宾中，日本政府还非常注意把握整体平衡，以免形成某特定国家的“国宾”访日次数过多，但菲律宾显然是受到日本另眼相看的。2002年时任总统阿罗约和2015年时任总统阿基诺已相继以“国宾”身份访问日本，这次日本再度隆重接待马科斯总统访日，显然是在向国际社会传递双边关系非同寻常的信息。
同样，日本领导人访问菲律宾也非常频繁。去年1月先是外相访菲，紧接着4月时任首相石破茂也访问了菲律宾。而其前任岸田文雄也曾于2023年11月访问菲律宾。
2025年4月29日（当地时间），时任日本首相石破茂访问了菲律宾共和国马尼拉，与菲律宾总统费迪南德·马科斯举行首脑会谈。
在马科斯到访之前，日本防卫大臣小泉进次郎在4月底也访问了菲律宾，双方探讨了日本向菲律宾提供“阿武隈级”护卫舰事宜。这是日本在1988-1993年期间建造的军舰，一共是6艘，舰长109米，排水量为2000吨。本来日本就决定将这6艘护卫舰在2027年全部退役，如今菲律宾愿意接受，对日本来说是正中下怀，否则找不到下家的话就只能拆解报废了。菲律宾也将因此成为第一个接受日本二手军舰的国家，这是日本解禁杀伤性武器出口限制后的首笔交易。
日本之所以与菲律宾打得如此火热，无非是因为这十几年来中国与菲律宾在领海问题上存在争议，2016年国际法庭就南海争议问题做出了仲裁决定，中国当然视其为废纸一张，但日本却对此喜出望外。
从2012年底安倍晋三重新担任首相以来，日本为抗衡和制约中国，在国际社会竭尽全力拼凑所谓的“对华包围圈”。
据《朝日新闻》编委吉冈桂子2018年在该报披露，截至当年6月17日，《产经新闻》上出现这一表述多达216次，《朝日新闻》是106次，《日本经济新闻》、《读卖新闻》和《每日新闻》则分别为129次，108次和82次，其中一半以上出现在2012年底安倍晋三再次出任首相之后。
于是从那以来，日本与菲律宾的合作力度不断加大。早在2008年两国就签署了双边经济合作协议，对菲律宾来说日本是第一个与其签署这一协议的国家。根据这一协议，从2009年开始，3000名菲律宾护理人员前往日本，在日本各医院和养老院实习，提升护理技能，目前这一人数已翻了一番，增至6000人。
除了在外交和经济领域以外，近年来双方在安全领域的合作也在全力推进。2011年时任总统阿基诺访日，双方发表了《全面推进战略伙伴关系的联合声明》，2017年杜特尔特总统访日期间两国又发表了《关于今后5年双边合作的联合声明》，进一步强化了战略伙伴关系。由于与美国的关系出现了恶化趋势，杜特尔特在任期间未能访美，却两度访问日本，使双方关系提升至全新阶段。
在2017年1月举行的双方首脑会谈中，时任首相安倍晋三承诺，此后5年中将向菲律宾提供1万亿日元的ODA（政府开发援助）和民间投资，尤其是加强对棉兰老岛的经济开发支持，并协助菲律宾建设“优质基础设施”，在两国之间推动建设所谓“自由和开放的印太地区”。杜特尔特总统对日本感激涕零，称日本为“比兄弟还亲的亲人”，双方宣布进入了“黄金合作期”。
近年来，双方还推动在菲律宾铁路建设和苏比克湾开发以及海上执法等领域的合作。2022年马科斯走马上任后在对华立场上显得更为强硬，于是双方之间的关系呈现出进一步强化的趋势，包括在后疫情时期的经济恢复、提升菲律宾海岸警备队的装备水平和加强能力建设方面进一步开展合作。当年双方开展了首次“2+2会谈”，此后还加上美国举行了罕见的三方“2+2会谈”。
此前，日本防卫省与菲律宾国防部于2015年签署了访问交流与合作的备忘录，日本自卫队与菲律军队之间的联合训练和演习也逐步展开，目前已达到每年一次。早在2013年日本就向菲律宾提供日元贷款提供10艘二手巡逻艇，此后于2016年又追加2艘。这些巡逻艇的长度也就40米，排水量在300吨以下，只能在海岸线附近转悠转悠，根本无法稍稍远离海岸线执行任务。
2016年双方签署了转让防卫装备和技术的协议，于是日本据此向菲律宾提供了TC-90教练机和陆上自卫队的UH-1H直升机零部件。2019年双方还建立了有关防卫装备和技术合作的事务级磋商机制，使双方之间的装备合作进入了制度化阶段。
近年来日本频繁参加菲律宾开展的“肩并肩”联合军事演习和“盾牌”多边演习。此前日本海上自卫队的“雷号”驱逐舰悍然穿越台湾海峡前往菲律宾参加演习，受到中国军舰全程严密跟踪与监视，中方还就此向日本提出强烈抗议。
与此同时，日本海上自卫队的“伊势号”直升机护卫舰和“下北号”登陆舰则通过台湾外海前往菲律宾参加演习，这次自卫队共派遣1400名官兵，是首次以实战部队身份全面参与演习。这次演习科目包括实弹打把、海上封锁、两栖登陆和网络攻防等高烈度作战内容。
据菲律宾媒体5月6日报道，日本的88式岸基反舰导弹首次在美菲“肩并肩”军演中发射。这是战后日本首次在境外发射进攻型导弹。
以往日本仅以观察员身份观摩演习，这主要是考虑到菲律宾人民的感情问题，毕竟日军当年在菲律宾留下的血债，是不可能一笔勾销的。经过多年发展双边关系的铺垫，日本自以为它已走出了二战的历史阴影，可以让实战部队卷土重来了。日本显然低估了历史教训的持续性，此举引发了菲律宾人民的强烈愤慨，指出这是对他们的“侮辱”。尤其是“祖母联盟”这一民间组织更是对此怒不可遏，呼吁取消与美国的同盟以及与日本的安全合作。
该组织并非普通的民间组织，而曾是以二战期间的“慰安妇”为主，如今随着那代人逐步退出历史舞台，如今主要成员是她们的子女。他们对日本自卫队如此大摇大摆再度进入菲律宾无法接受，对此马科斯总统也难辞其咎。为了提升自己访日的档次，居然不惜伤害本国人民的感情？
